Руководство института
Генеральный директор — Мельников П.Н.
Научный руководитель ФГБУ «ВНИГНИ» — Варламов А.И.
Заместитель генерального директора по научной работе — Фортунатова Н.К.
Заместитель генерального директора по вопросам лицензирования — Давыденко Б.И.
Заместитель генерального директора по бурению — Писарницкий А.Д.
Заместитель генерального директора по геофизике — Смирнов М.Ю.
Заместитель генерального директора по научной работе — Пороскун В.И.
Заместитель генерального директора по финансово-экономическим вопросам — Юсипова А.Р.
Заместитель генерального директора по общим и социальным вопросам — Гусев С.И.
Заместитель генерального директора по маркетингу — Леньчук Д.В.